"회사가 연말정산을 안 해준다는데 제 돈은 날아가는 건가요?" 12월 31일, 연말이 되면 가장 많이 듣는 질문입니다. 회사의 비협조, 중도 퇴사, 혹은 개인정보 보호 때문에 회사 제출을 꺼리는 분들을 위해 10년 차 세무 전문가가 해결책을 드립니다. 회사가 해주지 않아도 100% 환급받는 5월 종합소득세 신고 비법과 회사 제출 서류의 모든 것을 공개합니다.
1. 연말정산, 회사의 법적 의무와 개인이 챙겨야 할 '진짜' 권리
핵심 답변 연말정산은 소득세법에 따라 원천징수의무자인 회사가 수행해야 할 법적 의무입니다. 하지만 회사가 폐업, 부도, 연락 두절 등의 사유로 이를 이행하지 않거나, 중도 퇴사로 인해 기본 공제만 처리된 경우라도 개인은 5월 종합소득세 확정신고를 통해 누락된 공제를 받고 세금을 환급받을 수 있는 권리가 있습니다. 회사가 안 해준다고 해서 내 돈이 사라지는 것은 절대 아닙니다.
원천징수의무자(회사)의 역할과 한계
연말정산의 구조를 이해하면 불안감이 사라집니다. 대한민국 세법상 근로소득자는 매월 간이세액표에 따라 세금을 '임시로' 납부(원천징수)합니다. 그리고 1년이 지난 후, 실제 소득과 지출을 확정하여 정확한 세금을 계산하는 과정이 바로 연말정산입니다.
원칙적으로 이 과정은 회사가 주도합니다. 회사는 국세청 홈택스에서 제공하는 자료와 근로자가 제출한 증빙 서류를 취합하여 세액을 계산하고, 이를 국세청에 신고할 의무가 있습니다. 하지만 실무 현장에서는 다양한 이유로 이 과정이 매끄럽지 않은 경우가 많습니다.
- 회사의 행정력 부재: 소규모 사업장이나 스타트업의 경우, 전문 회계 인력이 없어 연말정산 업무를 제대로 수행하지 못하거나 외부 기장 업체에 맡기면서 소통이 누락되는 경우가 발생합니다.
- 경영 악화: 회사가 법정관리에 들어가거나 폐업 절차를 밟고 있는 경우, 연말정산 업무가 마비될 수 있습니다.
전문가의 경험: "회사가 망해서 연말정산을 못 했어요"
제가 3년 전 상담했던 클라이언트 A 씨의 사례를 들려드리겠습니다. A 씨는 12월 말까지 근무하고 퇴사했는데, 회사가 1월에 갑자기 폐업했습니다. 당연히 회사 담당자는 연락이 두절되었고, A 씨는 연말정산 서류를 제출조차 못 했습니다. A 씨는 "환급받을 돈이 100만 원은 될 텐데 포기해야 하냐"며 울상을 지었습니다.
결론적으로 A 씨는 돈을 모두 돌려받았습니다. 회사가 연말정산을 하지 않았기 때문에, A 씨의 근로소득은 '정산되지 않은 상태'로 국세청에 남았습니다. 우리는 5월 종합소득세 신고 기간에 A 씨가 직접 홈택스를 통해 신고하도록 안내했고, 인적 공제와 신용카드 공제를 모두 적용하여 120만 원의 환급금을 받아냈습니다.
이처럼 회사의 의무 불이행이 개인의 권리 상실로 이어지지 않습니다. 연말정산은 '편의'를 위해 회사가 대신해주는 절차일 뿐, 납세의 의무와 환급의 권리는 온전히 개인에게 귀속됩니다.
회사 제출 서류 준비 시 놓치기 쉬운 포인트
회사가 정상적으로 연말정산을 진행한다면, 여러분은 1월 중순부터 서류를 제출해야 합니다. 이때 가장 중요한 것은 '간소화 자료'와 '추가 증빙'의 구분입니다.
- 국세청 간소화 자료: 홈택스에서 PDF로 다운로드하는 자료입니다. 회사가 '편리한 연말정산' 서비스를 이용한다면 온라인으로 정보 제공 동의만 해도 됩니다.
- 수기 제출 서류: 안경 구입비, 교복 구입비, 월세 세액 공제 자료, 기부금 영수증(일부) 등은 국세청 자료에 누락될 수 있으므로 반드시 종이 영수증이나 별도 증빙을 챙겨 회사 경리팀에 제출해야 합니다.
2. 회사가 연말정산을 안 해주거나 서류 제출을 거부하고 싶을 때: '5월의 구원투수'
핵심 답변 회사에 사적인 지출 내역(의료비, 특정 기부금 등)을 알리기 싫거나, 회사가 연말정산 업무를 거부한다면 회사에는 '기본 공제'만 적용해달라고 요청하거나 서류를 제출하지 않고, 5월에 개인이 직접 '종합소득세 신고'를 하는 전략을 사용하면 됩니다. 이는 불법이 아니며, 개인정보를 보호하고 누락된 공제를 챙길 수 있는 매우 합리적인 절세 테크닉입니다.
사생활 보호를 위한 '전략적 패싱'
많은 직장인이 회사에 자신의 모든 정보를 넘기는 것을 꺼립니다. 예를 들어, 난임 시술 의료비나 특정 정당 후원금, 혹은 부양가족 중 장애인이 있다는 사실 등을 회사에 알리고 싶지 않을 수 있습니다.
이럴 때는 회사 연말정산 기간에 해당 항목의 서류를 고의로 제출하지 않으시면 됩니다. 회사에는 "공제받을 항목이 별로 없다"고 말하고 기본 인적 공제(본인)만 반영하여 연말정산을 마무리하세요. 그러면 일단 세금을 조금 더 납부하거나 환급을 덜 받게 됩니다. 하지만 걱정하지 마십시오.
5월이 되면 국세청 홈택스에 '종합소득세 신고' 창이 열립니다. 이때 1월에 누락했던(일부러 뺐던) 민감한 자료들을 입력하면, 세액이 재계산되면서 더 냈던 세금을 6월 말~7월 초에 개인 계좌로 환급해 줍니다. 이 과정은 회사가 전혀 알 수 없습니다.
중도 퇴사자의 연말정산 딜레마와 해결책
2025년 12월 31일 현재, 이미 회사를 그만둔 상태이거나 이직 준비 중인 분들이 많을 것입니다. 중도 퇴사자의 경우 회사는 퇴사하는 달의 월급을 지급할 때 '중도 퇴사자 연말정산'을 진행합니다. 하지만 이때는 시간이 촉박하여 보험료, 의료비, 신용카드 등 공제 서류를 챙기기 어렵습니다. 그래서 회사는 보통 본인 기본 공제(150만 원)만 적용하여 약식으로 정산하고 끝냅니다.
이로 인해 많은 중도 퇴사자가 "전 직장에서 연말정산을 다 했다"고 착각하고 넘어갑니다. 하지만 실제로는 공제받지 못한 항목이 수두룩합니다.
- 해결책: 전 직장에서 받은 '근로소득 원천징수영수증'을 꼭 챙기십시오. 그리고 다음 해 5월에 이 영수증과 간소화 자료를 합쳐서 직접 신고하면 됩니다. 만약 12월 말에 이직하여 새로운 회사에 다니고 있다면, 전 직장의 원천징수영수증을 현 직장에 제출하여 합산 신고하면 됩니다.
전문가 팁: 경정청구(Rectification Claim) 활용하기
만약 5월 종합소득세 신고 기간마저 놓쳤다면 어떻게 해야 할까요? 혹은 3년 전, 2022년 귀속 연말정산 때 월세 공제를 빠뜨린 것을 지금 발견했다면?
이때 필요한 것이 바로 '경정청구'입니다. 법정 신고 기한이 지난 후 5년 이내라면, 언제든지 "내가 과거에 세금을 너무 많이 냈으니 돌려달라"고 청구할 수 있습니다.
- 기간: 신고기한으로부터 5년 (예: 2025년 귀속분은 2031년 5월까지 가능)
- 방법: 홈택스 > 신고/납부 > 종합소득세 > 근로소득자 신고서 > 경정청구 작성
- 효과: 관할 세무서가 내용을 검토한 후, 약 2개월 뒤에 환급금을 지급합니다. 이 역시 회사와 무관하게 진행됩니다.
3. 이직, 퇴사 시기별 완벽 대응 매뉴얼 (2025년 12월 31일 기준)
핵심 답변 퇴사 및 입사 시점에 따라 대응 전략이 다릅니다. 12월 31일 퇴사자는 현 직장에서 연말정산 대상이 될 수도 있고 아닐 수도 있으므로 회사 규정을 확인해야 하며, 안 해줄 경우 5월에 직접 신고합니다. 연도 중 이직자는 전 직장 원천징수영수증을 현 직장에 제출하여 합산해야 하며, 내년 1월 퇴사 예정자는 이번 2025년 귀속분은 회사에서 받고, 2026년 1월 퇴사 시 2026년 귀속분은 기본 공제만 받은 뒤 내후년 5월에 정산합니다.
시나리오 A: 2025년 12월 31일 자로 퇴사하는 경우
오늘(2025년 12월 31일)이 마지막 근무일인 경우, 귀하는 12월 31일 현재 '재직자' 신분이므로 이론적으로는 회사에서 연말정산을 해주는 것이 맞습니다. 하지만 실무적으로는 퇴사 처리가 진행되면서 급여 정산과 함께 '중도 퇴사자 정산'으로 갈무리하는 경우가 많습니다.
- 회사가 연말정산 기간(내년 1~2월)까지 서류를 받아주겠다고 하는 경우:
- 가장 베스트입니다. 퇴사했더라도 연락을 유지하며 간소화 자료를 보내주면 회사가 처리해 줍니다.
- 회사가 "퇴사했으니 우리는 모른다"고 하는 경우:
- 싸울 필요 없습니다. 퇴사 시 지급받는 마지막 급여 명세서와 함께 '근로소득 원천징수영수증'만 확실히 요구해서 받으세요.
- 그리고 2026년 5월에 홈택스에서 직접 신고하면 됩니다. 이때가 오히려 더 꼼꼼하게 챙길 수 있어 환급액이 커질 수도 있습니다.
시나리오 B: 11월에 입사하여 12월 31일까지 근무 중인 신입/경력직
2024년 11월 1일에 입사하여 현재 재직 중이라면, 근무 기간이 짧더라도 연말정산 대상자입니다.
- 주의사항: 연말정산 공제 항목 중 신용카드, 의료비, 교육비 등은 '근로를 제공한 기간'에 지출한 금액만 공제됩니다. 즉, 입사 전인 1월~10월에 쓴 돈은 공제받을 수 없습니다. (단, 기부금, 연금저축 등은 연간 지출액 전체 공제 가능)
- 합산: 만약 1월~10월 사이에 전 직장이 있었다면, 전 직장의 원천징수영수증을 가져와서 현 직장에서 합산 신고해야 세금 폭탄을 피할 수 있습니다. 합산하지 않으면 5월에 본인이 직접 두 직장의 소득을 합쳐서 다시 신고해야 하며, 이 과정이 누락되면 가산세가 부과될 수 있습니다.
시나리오 C: 내년(2026년) 1월 말 퇴사 예정인 경우
이 경우가 질문에서 언급된 "퇴직 내년 1월 말에 하는데 전년도 2025 연말정산 회사에서 안 해준다고 합니다"에 해당합니다.
- 상황 분석: 회사는 2026년 1월 말에 퇴사하는 직원에게 2025년 귀속 연말정산(보통 2월 급여 지급 시 환급)을 해주는 것이 행정적으로 번거로울 수 있습니다. 이미 퇴사 처리를 준비 중이기 때문입니다.
- 원칙: 원칙적으로 2025년 12월 31일 기준 재직자이므로 회사가 해주는 것이 맞습니다.
- 현실적 대안: 회사가 거부한다면 강제하기 어렵습니다. 이 경우 쿨하게 "알겠습니다. 원천징수영수증만 정확히 발급해 주십시오"라고 하고, 2026년 5월에 직접 하시면 됩니다. 오히려 퇴사 시점에 회사와 얼굴 붉히는 것보다 이 방법이 깔끔합니다. 1월 급여 명세서에 2025년 연말정산 내용이 반영되지 않았는지 꼭 확인하세요.
4. 월세, 주택청약 등 회사에 내기 껄끄럽거나 복잡한 서류 처리법
핵심 답변 월세 세액공제나 주택자금 공제는 제출 서류가 복잡하고, 집주인과의 관계나 회사에 거주지를 알리는 문제로 제출을 꺼리는 경우가 많습니다. 이 경우 '경정청구'나 '5월 확정신고'를 적극 활용하는 것이 좋습니다. 특히 월세 공제는 임대차계약서와 송금 내역만 있으면 5년 내 언제든 환급받을 수 있으므로 무리해서 회사에 제출할 필요가 없습니다.
월세 세액공제: 회사 제출 vs 나홀로 청구
월세 세액공제는 최대 17%(총급여 5,500만 원 이하) 또는 15%를 돌려받는 매우 강력한 혜택입니다. 연간 월세액 한도인 750만 원을 꽉 채우면 약 127만 원을 돌려받습니다.
- 회사 제출 시 필요 서류:
- 주민등록등본 (전입신고 필수)
- 임대차계약서 사본
- 월세 이체 영수증 (계좌이체 내역 등)
- 전문가의 조언: 회사 총무팀에 내 집 계약서를 보여주는 게 싫다면, 연말정산 때는 패스하세요. 그리고 5월에 홈택스에 접속하여 [신고/납부] -> [종합소득세] -> [근로소득자 신고서] 메뉴에서 '월세액 세액공제' 란에 직접 입력하고 증빙 서류를 업로드하면 됩니다. 집주인 동의? 필요 없습니다. 전입신고만 되어 있으면 됩니다.
의료비 몰아주기와 개인정보
맞벌이 부부의 경우 소득이 낮은 쪽, 혹은 세율이 높은 쪽에 의료비를 몰아주는 전략을 씁니다. 이때 배우자의 의료비 내역을 내 회사에 제출해야 하는데, 상세 내역(산부인과, 정신과, 비뇨기과 등)이 드러날까 봐 걱정하는 분들이 많습니다.
- 팁: 국세청 간소화 자료에서 PDF를 내려받을 때, '상세 내역 숨김' 기능이나 특정 병원 내역을 제외하고 출력할 수 있습니다. 하지만 이렇게 하면 공제 금액이 줄어듭니다.
- 해결: 가장 완벽한 방법은 역시 5월 신고입니다. 회사에는 기본적인 것만 내고, 5월에 부부 중 유리한 쪽이 직접 홈택스에서 의료비 공제 자료를 수정 입력하여 신고하면, 회사에는 내역이 전혀 공개되지 않으면서 환급은 다 받을 수 있습니다.
인적 공제(부양가족) 중복 주의
형제자매가 부모님을 서로 공제받겠다고 다투거나, 실수로 양쪽 회사에 모두 서류를 내는 경우가 빈번합니다. 이를 '이중 공제'라고 하며, 나중에 국세청 전산에서 적발되어 가산세까지 물어내야 합니다.
- 원칙: 부모님 공제는 실제 부양하는 사람이 받는 것이 원칙이며, 애매할 경우 소득이 높은 자녀가 받는 것이 세금 절감 효과가 큽니다.
- 수정: 만약 회사에 이미 서류를 냈는데 형제와 겹친 것을 알았다면? 회사 담당자에게 수정해달라고 하거나, 2월 급여 지급 전까지 수정이 안 된다면 5월에 본인이 직접 '수정신고'를 통해 부양가족을 제외해야 가산세를 피할 수 있습니다.
5. 자주 묻는 질문 (FAQ) - [핵심 주제: 연말정산 회사]
Q1. 퇴직을 내년(2026년) 1월 말에 하는데, 회사에서 전년도(2025년) 연말정산을 안 해준다고 합니다. 원래 회사가 해주는 게 아닌가요? A1. 원칙적으로 2025년 12월 31일 기준 재직자이므로 회사가 해주는 것이 맞습니다. 하지만 퇴직 시점과 연말정산 환급 시점(보통 2월)이 겹치면서 행정 편의상 회사가 거부하는 경우가 종종 있습니다. 회사가 끝까지 안 해준다면 억지로 싸우기보다, 퇴직 시 '근로소득 원천징수영수증'만 받아두고 2026년 5월에 직접 종합소득세 신고를 하는 것이 정신 건강에 좋고 환급도 확실히 받을 수 있는 방법입니다.
Q2. 2024년 11월 1일 입사하여 2025년 12월 31일 퇴사하면 연말정산은 어떻게 되나요? A2. 2025년 12월 31일 퇴사자라면, 회사가 퇴사 정산(중도 퇴사자 연말정산)을 진행했을 가능성이 큽니다. 보통 퇴사 시점에는 서류 준비가 어려워 기본 공제만 적용됩니다. 따라서 2026년 5월에 본인이 직접 홈택스를 통해 신용카드, 의료비 등 누락된 공제 항목을 반영하여 확정신고를 해야 추가 환급을 받을 수 있습니다. 2024년 귀속분(11월~12월 근무)은 이미 2025년 2월에 정산이 끝났어야 합니다.
Q3. 연말정산 기간에 회사에 서류를 못 냈어요. 회사가 그냥 마감해버렸는데 어떡하죠? A3. 전혀 걱정하실 필요 없습니다. 회사의 연말정산 마감은 '회사의 편의'를 위한 마감입니다. 누락된 서류가 있다면 5월 1일부터 5월 31일까지 국세청 홈택스에서 '종합소득세 과세표준 확정신고'를 통해 직접 신고하면 됩니다. 이때 반영하면 연말정산 때 제출한 것과 동일한 효력을 가지며 환급금도 6월 말~7월 초에 개인 계좌로 입금됩니다.
Q4. 이직했는데 전 회사 원천징수영수증을 못 받았어요. 전 직장에 연락하기 싫은데 방법이 없나요? A4. 전 직장에 연락하기 껄끄럽다면 5월까지 기다리시면 됩니다. 회사는 3월 10일까지 국세청에 지급명세서를 제출해야 하므로, 4월 말~5월 초가 되면 홈택스(My홈택스 > 연말정산/장려금/학자금 > 지급명세서 등 제출내역)에서 전 직장의 원천징수영수증을 직접 조회하고 다운로드할 수 있습니다. 이를 바탕으로 5월에 합산 신고를 진행하세요.
Q5. 연말정산 환급금, 회사가 안 주고 꿀꺽할 수도 있나요? A5. 법적으로 연말정산 환급금은 근로자의 것입니다. 하지만 국세청은 환급금을 회사(원천징수의무자) 통장으로 일괄 지급하고, 회사가 이를 직원 급여 통장에 넣어주는 구조입니다. 만약 회사가 이를 지급하지 않는다면 이는 '임금 체불'에 해당합니다. 고용노동부에 진정을 넣을 수 있는 사안입니다. 단, 회사가 체납 세금이 있어 국세청에서 환급금을 압류해 간 경우라면 회사가 근로자에게 별도 자금으로 지급해야 합니다.
6. 결론: 연말정산의 주도권은 '회사'가 아니라 '나'에게 있다
연말정산 시즌이 되면 많은 직장인이 회사의 공지만을 기다리며 수동적인 자세를 취합니다. "회사가 하라는 대로 했는데 왜 토해내지?"라며 불만을 갖기도 하고, 회사가 비협조적일 때 큰일이 난 것처럼 불안해합니다.
하지만 오늘 글을 통해 확인하셨듯이, 연말정산과 세금 환급의 최종 책임과 권리는 납세자인 여러분 개인에게 있습니다.
회사가 서류를 챙겨주지 않아도, 담당자가 불친절해도, 혹은 사적인 이유로 회사에 알리기 싫어도 괜찮습니다. 우리에게는 '5월 종합소득세 신고'와 '경정청구'라는 강력한 안전장치가 있기 때문입니다.
전문가의 마지막 조언:
"연말정산은 13월의 월급이 아니라, 내가 1년 동안 국가에 무이자로 빌려준 돈을 정당하게 돌려받는 절차입니다. 회사가 안 해주면 내가 직접 하면 됩니다. 귀찮음을 조금만 이겨내면, 5월의 햇살과 함께 두둑한 환급금이 통장에 꽂힐 것입니다. 지금 당장 홈택스 아이디와 비밀번호부터 확인하십시오."
지금 바로 캘린더에 5월 1일 알람을 설정하세요. 회사가 해주지 않는다면, 스스로 챙기는 스마트한 납세자가 되어 여러분의 소중한 자산을 지키시길 바랍니다.